Фамилия Алишковский — редкий случай, когда восточный корень обрамлён в типично западную славянскую конструкцию. Основа здесь — личное имя Алиш (или Алыш) тюркского происхождения. В татарском, башкирском и казахском языках Алиш — уменьшительная форма от арабского Али («возвышенный», «великий»), а также может быть самостоятельным именем со значением «взятый», «полученный» (от глагола алу — брать). Первый носитель фамилии, скорее всего, был крещёным татарином, башкиром или выходцем из тюркской среды, носившим это имя.

Модель образования двойная. Суффикс -овск-/-евск- (в форме Алишковский) указывает, что фамилия формировалась не напрямую от имени, а от названия населённого пункта или владения, принадлежавшего человеку по имени Алиш. Типичная схема для польской и западнорусской ономастики: «Алиш» → «Алишково» (село или усадьба) → «Алишковский» (помещик или житель этого места). Окончание -ий закрепилось как стандартное для фамилий шляхетского или духовного сословия в Речи Посполитой. Это редкий случай, когда тюркское личное имя обрастает типично польским фамильным форматом, что говорит о глубокой ассимиляции предка в польско-литовской среде.

Географически фамилия тяготеет к восточным воеводствам бывшей Речи Посполитой — современной Беларуси и западной Украине, а также к югу России. Встречаются варианты написания Алишкевский и Алишковский (с ударением на второй или третий слог), что связано с местными диалектными особенностями произношения суффикса. В польском языке более естественной была бы форма Aliszewski, но русская передача через «шк» сохранила тюркскую основу почти без изменений.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Алишковский несёт в себе память о межкультурном контакте. Его носители — не просто потомки человека по имени Алиш, а, вероятно, представители служилой татарской шляхты, которая переселялась в Великое княжество Литовское и получала земли. Такие фамилии — живые свидетельства того, как восточное имя становилось частью западной славянской традиции, а затем возвращалось в русский язык уже в облагороженной «шляхетской» форме.