Фамилия Алишкин образована по очень распространенной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Алишкин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Алишка. Суффикс -ин в русских фамилиях присоединяется к основам на -а, -я, и здесь он работает так же, как в фамилиях Петин, Ванин или Мишкин.

Основа фамилии — Алишка. Это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Алипий (греч. «беспечальный») или, что гораздо вероятнее для простонародной среды, от имени Афанасий (греч. «бессмертный»). В русских говорах имя Афанасий давало целый ряд производных: Афоня, Фаня, Афоша, а также Алиш, Алишка. Такое стяжение — «Афанасий» до «Алиш» — вполне типично для живой устной речи: звук «ф» заменялся на «х» или вовсе опускался, а безударные слоги редуцировались.

Есть и другая, менее очевидная версия: Алишка могло быть уменьшительным от татарского имени Алиш (в значении «великий» или «высокий»). В Поволжье и Приуралье, где русские и татары веками жили рядом, такие заимствования в прозвищах — не редкость. Но в случае с фамилией Алишкин первая версия (от Афанасия) смотрится убедительнее: она вписывается в общерусский ряд фамилий на -ин, образованных от церковных имён.

По суффиксу и форме фамилия Алишкин — типично крестьянская или мещанская. В дворянской среде такие «домашние» формы практически не встречались: там предпочитали полные имена или фамилии на -ский. Алишкины, скорее всего, происходят из среды, где человека в быту звали не по отчеству, а по прозвищу или уменьшительному имени — Алишка. Это не пренебрежительный, а именно обиходный, семейный вариант.

Географически фамилия редкая, но встречается в центральных областях России и в Поволжье — как раз в зоне, где имя Афанасий было распространено, а его производные давали множество однотипных фамилий: Афанасьев, Афонин, Фомин, Алишев, Алишкин. Сравнение с однокоренной фамилией Алишев показывает разницу: -ев типичен для основ на мягкий согласный, а -ин — для основ на твёрдый, так что Алишкин и Алишев — не варианты, а параллельные образования от разных форм одного корня.