Фамилия Алышкин — редкий случай, когда народное прозвище, скорее всего, женское, стало родоначальником целого рода. В уральских говорах словом «Алышка» называли женщину-татарку. Такое прозвище могла получить либо сама носительница, либо её муж или дети — по её национальности. Модель образования проста: основа Алышк- плюс типичный русский притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «Алышкин»), то есть «сын или потомок Алышки».

Менее вероятна, но всё же возможна версия от тюркского имени Алыш. В переводе с татарского оно означает «добыча, приобретение». В татарском языке существует устойчивое выражение «алыш-биреш» («купля-продажа»), поэтому прозвище Алыш могли дать торговцу или меняле. Однако эта версия упирается в суффикс: от мужского имени Алыш по правилам русского языка образовалась бы фамилия Алышев (с суффиксом -ев), а не Алышкин. Форма с -к- и последующим -ин как раз и выдает уменьшительно-пренебрежительное или разговорное женское прозвище.

Третья гипотеза — от киргизского слова «алыш», означающего «большой арык, отводный магистральный канал». В этом случае прозвище могло относиться к мужчине, жившему у такого канала или занимавшемуся орошением. Но и здесь та же сложность с суффиксом: от «Алыш» ждали бы фамилию Алышев или Алышов, а не Алышкин. Поэтому наиболее правдоподобным остаётся первое объяснение — происхождение от прозвища женщины-татарки, закрепившегося за её потомками на Урале.