Фамилия Алышов — одна из тех, где корень вызывает споры, а суффикс указывает на географию. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, что типично для центральной России и Поволжья. Но основа — Алыш — явно не славянская. Скорее всего, это адаптация тюркского имени или прозвища.

Самая вероятная версия: Алыш — это русифицированная форма тюркского имени Алыш или Алышбай. В татарском, башкирском и других тюркских языках «алыш» означает «обмен», «мена». Имя могли дать ребёнку, родившемуся в семье, занимавшейся торговлей или меной, или же как пожелание лёгкости в делах. Встречается и значение «взятие», «получение» — имя-оберег, символизирующее удачу в приобретении. Менее распространённая, но возможная версия — от арабского «алиш» (высокий, возвышенный), но это скорее исключение, так как форма с конечным -ыш типична для тюркских языков.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия закрепилась в русскоязычной среде, вероятно, в среде крещёных татар, чувашей или башкир, перешедших на русскую фамильную модель. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии часто фиксировали у крестьян и мещан Поволжья, Приуралья и юга России. Алышовы могли быть выходцами из Казанской, Уфимской или Оренбургской губерний.

Интересно, что фамилия редкая. Она не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов, что говорит о её простонародном происхождении. Предки носителя фамилии, скорее всего, были либо мелкими торговцами, либо крестьянами, получившими фамилию по имени или прозвищу родоначальника. Встречаются также варианты написания с одной «ш» — Алысов, но Алышов с твёрдым шипящим — более устойчивая форма, сохранившая тюркское звучание основы.