Фамилия Алышев — одна из тех, что не укладываются в одну простую схему. Её основа — тюркское имя или прозвище Алыш, и у этого слова как минимум три разных значения, каждое из которых ведёт к своей версии происхождения фамилии.

Самая прямая версия: от тюркского имени Алыш, которое переводится как «добыча» или «приобретение». Такие имена давали в тюркской среде, и они могли попасть в русские фамилии через выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев. В XV–XVII веках многие нерусские по происхождению люди входили в состав русского дворянства, и их имена становились основами для фамилий.

Вторая версия отталкивается от татарского выражения «алыш-биреш» — «купля-продажа». Если Алыш было не именем, а прозвищем, то его мог получить торговец. В этом случае фамилия указывает на род занятий предка.

Третья, менее очевидная версия — из киргизского языка, где «алыш» означает «большой арык, отводной магистральный канал». Тогда фамилия не про имя или профессию, а про место: предок жил у крупного ирригационного канала. Эта версия спорная, но показывает, как далеко могут разойтись значения одного слова в разных тюркских языках.

Модель образования фамилии стандартная для русской ономастики: к основе Алыш добавили суффикс -ев (после шипящего, а не -ов). Фамилия закрепилась как отчество: «чей?» — Алышев, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Алыш.

Географически фамилия встречается в регионах с историческим татарским и башкирским населением, а также в Поволжье и на Урале. Сословная принадлежность носителей могла быть разной: среди Алышевых были и дворяне тюркского происхождения, и крестьяне, и купцы. Точных родословных записей о едином родоначальнике нет, но восточное происхождение основы фамилии сомнений не вызывает.