Фамилия Алышкины — редкий случай, когда в основе лежит не мужское имя или занятие, а прозвище женщины. В уральских говорах словом «Алышка» называли женщину-татарку. Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин: Алышка → Алышкин → Алышкины. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Алышкин», то есть сын или потомок Алышки. Это сразу говорит об исходном прозвище матери или бабушки, что для крестьянской среды, где фамилии часто давались по отцу, нехарактерно.

Есть и другие версии происхождения. Менее вероятно, что в основе лежит тюркское имя Алыш, означающее «добыча, приобретение». В татарском языке существует выражение «алыш-биреш» — «купля-продажа». Отсюда могло возникнуть прозвище Алыш для торговца, а затем фамилия. В этом случае форма Алышкин была бы образована через уменьшительное Алышка, что логично для русского словообразования.

Третья версия отсылает к киргизскому языку, где «алыш» — это «большой арык, отводной магистральный канал». Если так, то прозвище указывало на место жительства предка у такого канала. Но эта гипотеза слабее: слишком далёкая семантика для русского прозвища, и непонятно, как она попала в основу фамилии в центральной России.

Какая версия правдоподобнее? Первая — с прозвищем женщины-татарки. Она опирается на живую диалектную лексику Урала, где межэтнические контакты были обычны, и объясняет суффикс -ин в фамилии. Торговая версия возможна, но менее подтверждена источниками. Версия с арыком — экзотична и вряд ли состоятельна для русской фамилии.

Фамилия Алышкины — редкая. Она не встречается в массовых списках дворянских или купеческих родов, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Географически её можно связать с Уралом и Поволжьем, где русские и тюркские народы жили рядом. Точное время возникновения назвать сложно: процесс формирования фамилий у крестьян растянулся до XIX века.