Фамилия Алышкина построена по простой и распространённой модели: к основе «Алышк-» добавили суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?»). Скорее всего, в основе лежало прозвище Алышка. В уральских говорах так называли женщину-татарку. Если это верно, фамилия означает «дочь или жена Алышки» и изначально могла закрепиться за детьми или супругом такой женщины.

Есть и другие версии. Менее вероятно, что фамилия восходит к тюркскому имени Алыш — «добыча, приобретение». В татарском языке существует выражение «алыш-биреш» (купля-продажа), поэтому Алышем могли прозвать торговца. Встречается и совсем иное значение — в киргизском языке «алыш» означает «большой арык, отводный магистральный канал». Такая основа возможна, но маловероятна для фамилии, бытующей в русской среде.

Интересно, что прозвище Алышка — не единственное в своём роде. В уральских говорах встречались и другие прозвища, образованные от этнонимов: Чувашка, Черемиска. Это указывает на региональную специфику: фамилия Алышкина могла возникнуть именно на Урале или в Приуралье, где контакты с тюркскими народами были особенно тесными.

Что касается сословной принадлежности, точных данных нет. Фамилии на -ин чаще всего носили крестьяне и мещане, но однозначно утверждать, кем были первые Алышкины, нельзя. Ясно одно: фамилия — недавняя по историческим меркам, её формирование относится к XVII–XVIII векам, когда прозвища стали закрепляться в качестве наследственных имён.