Фамилия Алишкина — один из тех случаев, когда русская фамильная модель «примерила» на себя имя, пришедшее из совсем другой языковой среды. В её основе лежит имя Алишка — уменьшительно-ласкательная форма от арабского имени Али (‘али — «высокий», «возвышенный»). Суффикс -к(а) в данном случае работает как маркер просторечного, домашнего обращения: Алишка, Ахметка, Ибрагимка — так в быту могли называть человека, а прозвище позже закрепилось за его потомками.

Фамилия образована по стандартной русской патронимической схеме с суффиксом -ин, отвечающим на вопрос «чей?». Алишкин — буквально «сын Алишки», «внук Алишки». Такая модель типична для фамилий, произошедших от имён на -а, -я, и широко распространена в центральных и южных регионах России, где веками соседствовали славянское и тюркское население.

Географически фамилия Алишкина тяготеет к Поволжью, Уралу и Западной Сибири. В метрических книгах XIX века её носители встречаются среди крестьян и мещан, нередко — в среде крещёных татар (кряшенов). В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от полных имён, Алишкин сохранил разговорную, домашнюю форму, что указывает на неформальное происхождение прозвища.

Существует и версия, что основа могла быть не от имени, а от прозвища Алишка — так в некоторых говорах якобы называли неуклюжего или медлительного человека. Однако она менее убедительна: прозвища с корнем «алиш-» в русских диалектах не зафиксированы, тогда как имя Али хорошо известно в исламской и тюркской ономастике. Поэтому основная гипотеза — именно именная, через патроним.

Фамилия редкая: в современных базах данных она встречается единично, в основном в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области. Её носители, скорее всего, потомки тех, кого в быту звали Алишкой, а в официальных бумагах записали «Алишкин».