Фамилия Акишкина образована от личного имени Акишка. Чаще всего так в быту называли человека, который при крещении получил имя Иоаким (с древнееврейского — «поставленный Богом»). Русский язык переделал длинное церковное Иоаким в короткое и простое Аким, а от него появились уменьшительные формы, в том числе Акишка. По этой модели суффикс -ин указывает на принадлежность: Акишкина — дочь или жена человека по прозвищу Акишка.

Параллельно существовало и нарицательное слово «акишка» — так в некоторых говорах называли простака или недалёкого человека. Теоретически фамилия могла закрепиться и за таким прозвищем, но версия происхождения от имени Иоаким убедительнее: в русской ономастике канонические имена давали гораздо больше фамилий, чем редкие нарицательные прозвища.

Фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где форма Акишка была особенно употребительна. Родственные фамилии — Акимов, Акишев, Акишин — образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Акишкина стоит в этом ряду особняком благодаря суффиксу -к-, который усиливает разговорный, обиходный оттенок исходного имени.