В основу фамилии легло мирское имя Акишка. Фамилия Акишкина образована от церковного имени Иоаким (в переводе с древнееврейского –“поставленный богом”). В основе фамилии – одна из народных форм этого имени – Акишка. Однако существовало и нарицательное Акишка со значением “простачок”. Однако версия происхождения от имени кажется более убедительной. В результате, потомки человека, обладающего именем Акишка, со временем получили фамилию Акишкина.