Фамилия Акишкины образована от имени, а не от профессии или места жительства. В её основе лежит народная форма крестильного имени Иоаким — Акишка. Имя Иоаким пришло на Русь с христианством, а в переводе с древнееврейского оно означает «поставленный Богом». Такое значение, как ни странно, могло сыграть с носителем злую шутку: в народной среде имя быстро переосмыслили, и нарицательное «акишка» стало означать «простачок» или «недалёкий человек». Поэтому у фамилии две возможные версии происхождения: либо предка действительно звали Акишкой (ласкательная форма от Иоакима), либо его прозвали Акишкой за наивность и добродушие. Первая версия — от имени — выглядит убедительнее: в русских документах XVII–XVIII веков встречаются и крестьяне, и посадские люди с этим именем, а фамилия на -ин образовалась по простой модели: «чей?» — «Акишкин», то есть сын или потомок Акишки. Поскольку суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному человеку, фамилия Акишкин — типичный пример патронимической фамилии, распространённой в северных и центральных губерниях России. Точное место и время возникновения фамилии установить трудно, но её корни уходят в ту эпоху, когда церковные имена в быту заменялись на более короткие и привычные для русского уха формы.