Фамилия Акишкин — из числа тех, что образовались от народных, разговорных форм крестильных имён. В основе лежит имя Акишка, которое восходит к церковному Иоаким. В переводе с древнееврейского оно означает «поставленный Богом». Однако на русской почве полное имя Иоаким дало множество сокращённых вариантов: Яким, Аким, Еким и, в том числе, Акишка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Акишкин, то есть сын или потомок Акишки.

Но есть и другая версия, не связанная с церковным календарём. В русских говорах существовало нарицательное слово «акишка» — так в некоторых областях называли простачка, простодушного и наивного человека. В этом случае фамилия ведёт начало не от имени, а от прозвища, которое дали предку за его добродушие и бесхитростность.

Какой вариант правдоподобнее? Скорее всего, имя. Прозвище Акишка могло закрепиться за человеком, но оно само почти наверняка возникло из того же имени, просто со временем приобрело переносное значение. В ономастике такие случаи обычны: имя сначала становится прозвищем, а потом — фамилией. Так что в конечном счёте корень у Акишкиных один — имя Иоаким, прошедшее через народное переосмысление и сокращение.

Фамилия относится к древнему типу русских фамилий на -ин. Такие фамилии образовывались от основ на -а, -я и были особенно распространены в северных и центральных губерниях России. Встречается она нечасто, но стабильно фиксируется в документах с XVII–XVIII веков, особенно в среде крестьян и посадских людей.