Фамилия Аткишкина — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, Аткишк-, не встречается в списке распространённых русских имён или прозвищ, поэтому разбирать её стоит через словообразовательную модель и возможные диалектные корни.

Суффикс -ин указывает на притяжательное значение: фамилия образована от личного имени или прозвища предка. Мужская форма — Аткишкин. Центральный элемент — Аткишк-. Это может быть вариантом имени Аткиш, которое, в свою очередь, является производной формой от крестильного имени Артемий (в просторечии — Артём). В русской народной традиции имена нередко сокращали и добавляли суффиксы: Артём → Атём → Атка → Аткиш. Суффикс -иш- мог придавать уменьшительно-ласкательный или, наоборот, пренебрежительный оттенок, но в данном случае скорее всего это просто вариант бытового имени.

Другая версия — связь с тюркскими языками. В татарском, башкирском, чувашском есть имя Аткыш (или Аткеш), которое означает «меткий стрелок» (от «ат» — стрелять, «кыш» — зима? но точнее — «попадающий в цель»). Русское окончание -ин могло быть добавлено при адаптации фамилии в христианской среде. Если предки были из регионов Поволжья или Приуралья, где веками жили рядом русские и тюркские народы, такое заимствование вполне вероятно.

География фамилии Аткишкина узкая. Основные записи встречаются в Пензенской области и Мордовии, что косвенно подтверждает обе версии: здесь и русские говоры с усечением имён, и зона контакта с мордовскими и тюркскими языками. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла писаться как Аткишкинъ, реже — Откишкин (с аканьем).

Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В современной России фамилия остаётся редкой — её можно встретить в единичных семьях, в основном в центральной части страны и на юго-востоке.

По сути, Аткишкина — это фамилия-загадка, где за простым суффиксом скрывается либо забытое домашнее имя Артемия, либо тюркское прозвище меткого охотника.