Фамилия Алышова — женская форма фамилии Алышов, и её корень сразу вызывает вопросы. На первый взгляд, основа «Алыш-» не похожа на привычные русские прозвища или имена, и это главная загадка. Скорее всего, фамилия тюркского происхождения, и её разгадка лежит в ономастике народов Поволжья или Кавказа.

Самая вероятная версия: в основе лежит тюркское имя или прозвище Алыш. В татарском, башкирском, азербайджанском языках слово «алыш» может означать «обмен», «взятие», «получение», а также быть формой глагола «брать». Прозвище Алыш могли дать человеку, который занимался обменом товаров, был купцом или менялой. В переносном смысле — «добытчик», «умеющий взять своё». Суффикс «-ов/-ев» типичен для русской модели образования фамилий от иноязычных основ: так имя Алыш превратилось в фамилию Алышов, а затем и в Алышова.

Есть и другая, менее распространённая гипотеза: связь с азербайджанским словом «алыша» — «пламя», «огонь». В таком случае прозвище могло относиться к человеку с горячим, вспыльчивым нравом, либо к тому, кто работал с огнём (кузнец, печник). Но эта версия уступает первой по частоте встречаемости в тюркских антропонимиконах.

Географически фамилия Алышова встречается в Татарстане, Башкортостане, Азербайджане, а также среди народов Дагестана. В русских документах она могла фиксироваться с разным ударением — на первый или второй слог, что характерно для адаптации тюркских имён. Суффикс «-ов» указывает на то, что фамилия оформлялась в русской канцелярской среде, вероятно, после крещения или при записи в метрические книги. Таким образом, предки современных Алышовых — скорее всего, тюркоязычные жители, получившие фамилию по прозвищу родоначальника, связанному с торговлей или обменом.