Фамилия Алышова — женская форма от Алышов, и её основа сразу выбивается из ряда привычных русских фамилий. Вместо корня от крестильного имени или ремесла мы видим тюркскую основу, и это главное, что определяет историю фамилии. Разгадку ищем в ономастике Поволжья или Кавказа.

Самая вероятная версия: в основе лежит тюркское имя или прозвище Алыш. В татарском, башкирском, азербайджанском языках слово «алыш» означает «обмен», «взятие», «получение», а также является формой глагола «брать». Прозвище Алыш могли дать купцу, меняле или человеку, который занимался обменом товаров. В переносном смысле — «добытчик», «умеющий взять своё». Суффикс «-ов» здесь работает как типичный русский оформитель иноязычных основ: так имя Алыш превратилось в фамилию Алышов, а затем и в женскую Алышова. Модель образования простая и распространённая: тюркское прозвище плюс русский патронимический суффикс.

Есть и другая, менее распространённая гипотеза: связь с азербайджанским «алыша» — «пламя», «огонь». В таком случае прозвище могло относиться к человеку с горячим, вспыльчивым нравом либо к тому, кто работал с огнём (кузнец, печник). Но эта версия уступает первой по частоте встречаемости в тюркских антропонимиконах — «торговая» линия надёжнее подкреплена данными.

Географически фамилия Алышова встречается в Татарстане, Башкортостане, Азербайджане, а также среди народов Дагестана. В русских документах она могла фиксироваться с разным ударением — на первый или второй слог, что характерно для адаптации тюркских имён. Суффикс «-ов» указывает на то, что фамилия оформлялась в русской канцелярской среде, вероятно, после крещения или при записи в метрические книги. Таким образом, предки современных Алышовых — скорее всего, тюркоязычные жители, получившие фамилию по прозвищу родоначальника, связанному с торговлей или обменом.