Фамилия Алиткина, скорее всего, образована от женского имени Алитка. Это имя — разговорная, обиходная форма довольно редкого греческого имени Алитея, которое означает «истина». Если это так, то фамилия указывает на то, что её основательница была дочерью или женой женщины по имени Алитка: на это указывает суффикс -ин, типичный для русских фамилий, образованных от женских основ.

Менее вероятна, но тоже возможна версия, что в основе фамилии лежит не имя, а прозвище Алитка. Его могли дать человеку, связанному с чем-то загадочным или сложным: греческое слово «алита» переводится как «неразрешимые задачи, необъяснимые вещи». Такое прозвище могло закрепиться за человеком, который любил задавать каверзные вопросы или славился мудрёными речами.

Обе версии ведут к греческому корню, что само по себе редкость для фамилий, бытующих в русской среде. Обычно греческие имена попадали в Россию через церковные календари, но имя Алитея встречается в святцах нечасто, поэтому фамилия Алиткина — скорее исключение, чем правило. Географически она может быть связана с регионами, где старообрядцы или духовенство дольше сохраняли архаичные и редкие календарные имена.

Процесс закрепления фамилии был долгим, и точно определить место и время возникновения рода Алиткиных можно только по результатам генеалогического исследования. Сейчас же можно уверенно сказать: фамилия женская по форме (Алиткина, а не Алиткин) и в основе своей имеет либо редкое христианское имя со значением «истина», либо прозвище, отсылающее к чему-то необъяснимому.