Фамилия Аниткина — женская форма фамилии Аниткин, а та образована от имени или прозвища Анитка. Самый прямой путь: Анитка — это разговорный, уменьшительный вариант имени Анита (через итальянское или испанское влияние), которое восходит к библейскому имени Анна. В русской традиции Анну называли по-разному: Анютка, Анюта, Анка, а кое-где — именно Анитка. Суффикс -к- здесь ласкательный, обиходный, а фамильный суффикс -ин работает по простой схеме: «чей?» — «сын (или дочь) Анитки».

Есть и другая версия, но она слабее. В северных и сибирских говорах словом «анита» могли называть неуклюжего, медлительного человека, который ходит вразвалку. Если прозвище прижилось, фамилия могла закрепиться за его потомками. Однако слово это узколокальное и в общерусских словарях не фиксируется, поэтому версия с крестильным именем Анна выглядит убедительнее.

По модели образования фамилия Аниткина типична для центральной и северной России — там, где преобладает суффикс -ин. Географически она встречается в основном в Вологодской, Архангельской областях и в некоторых районах Поволжья: именно в этих местах имя Анна в форме Анитка было в ходу в XIX веке. В дворянских или купеческих родословных фамилия не отмечена — скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, у которых в быту использовали уменьшительные формы имени.

С точки зрения словообразования, Аниткина стоит в одном ряду с Аничкин, Анютин, Анкин — все они образованы от разных вариантов одного и того же имени. Но если Аничкин встречается часто, то Аниткин — вариант редкий, и это делает его своеобразным маркером конкретной местной традиции именования.