Фамилия Альмухаметов — типичный пример сложения двух арабских имён, распространённый в тюрко-татарской среде. В её основе лежит сращение имён Али и Мухаммад (в тюркской огласовке — Мухаммет). Первая часть, Али (от арабского «алий» — «высокий, возвышенный»), — одно из имён зятя пророка Мухаммеда, четвёртого праведного халифа. Вторая часть — имя самого пророка, которое переводится как «прославляемый, восхваляемый».

Мусульманская традиция предписывает при упоминании пророка добавлять формулу «Сал Аллаху Алейхи уа Салам» («Благословит его Аллах и приветствует»). Часть исследователей связывает первую часть фамилии именно с этой формулой: имя Али могло закрепиться как сокращённое от неё, со временем слившись с именем Мухаммет в единое сложносоставное имя. Таким образом, Альмухаметов — это не просто «сын Али и Мухаммада», а имя, вобравшее в себя и имя пророка, и почтительное обращение к нему.

Окончание -ов указывает на русскую модель образования фамилий: так оформляли фамилии татарских и башкирских мурз, князей и простых общинников при переходе к паспортной системе в XIX веке. В самой Башкирии и Татарстане фамилия Альмухаметов встречается чаще, чем в других регионах, что подтверждает её северо-западное тюркское происхождение.

Наделяя сына таким именем, родители словно ставили его под двойное покровительство — и возвышенного Али, и самого пророка. В быту имя Альмухамет нередко сокращали до Альмуш или Мухамет, и эти варианты могли дать начало отдельным фамилиям (Альмушев, Мухаметов). Однако фамилия Альмухаметов сохранила полную, торжественную форму имени, что само по себе говорит о религиозной серьёзности семьи, давшей её родоначальнику.