Фамилия Алмуханов построена по самой распространённой в России патронимической модели: к основе — мужскому имени — добавляется суффикс -ов, означающий «сын такого-то». В данном случае основа — составное тюркско-арабское имя Алмухан. Первая часть, «Ал», восходит либо к арабскому «али» (высокий, возвышенный), либо к тюркскому «ал» (алый, красный — цвет силы и красоты). Вторая часть, «мухан», — это фонетический вариант имени Мухаммад (прославленный, достохвальный), которое в живой речи многих тюркских народов сокращалось и видоизменялось. Таким образом, имя Алмухан могло означать «возвышенный Мухаммад» или «алый Мухаммад» — не просто имя, а пожелание ребёнку знатности, здоровья и благосклонности судьбы.

Фамилия формировалась в среде, где в XIX–XX веках активно переходили на русскую паспортную систему: у башкир, татар, казахов. Географически Алмухановы чаще всего встречаются в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях, а также в Казахстане. В башкирских говорах ударение нередко падает на второй слог — Алму́ханов, что расходится с общерусской нормой и выдает диалектное произношение исходного имени.

Само имя не указывает на конкретное ремесло предка. Скорее, оно говорит о родовой принадлежности и вероисповедании (ислам). Носитель фамилии мог быть скотоводом, воином или сельским старостой — имя не сужает круг занятий, а фиксирует отчество.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Алмаев, Алматов, Муханов — проясняет редкую особенность. В фамилии Алмуханов составное имя не стёрлось в бытовом употреблении, а сохранило двусоставную структуру целиком. Это отличает её, например, от фамилии Алматов, где основа чаще связывается с тюркским «алма» (яблоко), а не с антропонимом. Для историка языка Алмуханов — ценный пример того, как два корня из разных языковых систем склеились в одном имени и затем перешли в фамилию без упрощения.