Фамилия Альмуханов — один из ярких примеров того, как тюркское имя перешло в русскую фамилию, сохранив при этом следы арабского происхождения и исламской традиции. В её основе лежит мужское имя Альмухан, которое само по себе сложносоставное. Первая часть — «Аль» — это арабский определённый артикль, часто встречающийся в именах, восходящих к исламской культуре. Вторая часть — «Мухан» — тюркская адаптация имени Мухаммад, что значит «восхваляемый», «прославляемый». Получается, что имя Альмухан — один из вариантов имени пророка Мухаммада, распространённый у народов, принявших ислам, но говоривших на тюркских языках: казахов, татар, башкир, ногайцев.

Сама фамилия образована по русской модели патронимии — с помощью суффикса -ов, который присоединяется к основе на твёрдый согласный (Альмухан-ов). Это прямо указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русскоязычной среде или под влиянием русской делопроизводственной традиции. В исконно тюркской среде у имени Альмухан были бы другие патронимические формы, например, Альмуханулы у казахов. Переход в форму на -ов типичен для многих тюркских фамилий, зафиксированных в документах Российской империи в XIX — начале XX века.

Географически фамилия Альмуханов наиболее характерна для казахов и, в меньшей степени, для татар и башкир. Встречается она преимущественно в Западном Казахстане, Оренбургской, Астраханской областях России, а также в регионах с компактным проживанием казахской диаспоры. Социальный состав носителей был пёстрым: среди Альмухановых могли быть и потомки степной аристократии (ак-суйек), и простые скотоводы, и муллы — имя Альмухан было распространено в самых разных слоях общества.

В русском написании фамилия могла фиксироваться с вариациями: через букву «г» (Альмуханов) или с двойным «н» (Альмуханнов). Первый вариант, с одним «н», стал нормативным и наиболее частотным, так как суффикс -ов добавляется к целой основе, а не усекает её. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Альмуханов стоит в одном ряду с Мухановым, Мухаметовым, Альмухаметовым. Все они восходят к разным фонетическим вариантам имени Мухаммад, но «Альмухан» — более архаичная и диалектная форма, что делает фамилию ценной для историков языка и этнографов.