Фамилия Альмуханов — яркий пример тюркского наследия в русском ономастиконе. Её основа — арабское мужское имя Альмухан, которое в свою очередь является сложносоставным. Первая часть «Аль» — определённый артикль в арабском языке, часто встречающийся в именах, восходящих к исламской традиции. Вторая часть «Мухан» — это тюркская адаптация имени Мухаммад («восхваляемый», «прославляемый»). Таким образом, имя Альмухан — один из вариантов имени пророка Мухаммада, распространённый у народов, принявших ислам, но говоривших на тюркских языках (казахов, татар, башкир, ногайцев).

Фамилия образована по русской модели патронимии с помощью суффикса -ов, который в данном случае присоединяется к основе на твёрдый согласный (Альмухан-ов). Это указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русскоязычной среде или под влиянием русской делопроизводственной традиции. В исконно тюркской среде у имени Альмухан были бы другие патронимические формы (например, Альмуханулы у казахов). Переход в форму на -ов типичен для многих тюркских фамилий, зафиксированных в документах Российской империи в XIX — начале XX века.

Географически фамилия Альмуханов наиболее характерна для казахов и, в меньшей степени, для татар и башкир. Встречается она преимущественно в Западном Казахстане, Оренбургской, Астраханской областях России, а также в регионах с компактным проживанием казахской диаспоры. Социальный состав носителей был пёстрым: среди Альмухановых могли быть и потомки степной аристократии (ак-суйек), и простые скотоводы, и муллы — имя Альмухан было распространено в самых разных слоях общества.

Стоит отметить, что в русском написании фамилия могла фиксироваться с вариациями: через букву «г» (Альмуханов) или с двойным «н» (Альмуханнов). Первый вариант, с одним «н», стал нормативным и наиболее частотным, так как суффикс -ов добавляется к целой основе, а не усекает её.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Альмуханов стоит в одном ряду с Мухановым, Мухаметовым, Альмухаметовым. Все они восходят к разным фонетическим вариантам имени Мухаммад, но «Альмухан» — более архаичная и диалектная форма, что делает фамилию ценной для историков языка и этнографов.