Фамилия Альмуханова построена по самой ходовой русской модели — с суффиксом -ов/-ев. Это отчество по отцу: цепочка простая — Альмухан, затем Альмуханов, и наконец женская форма Альмуханова. Суффикс отвечает на вопрос «чей сын?», так что в основе лежит мужское личное имя Альмухан.

Имя это составное, тюркского происхождения. Первая часть — «Ал» (или «Алы») — может означать «алый», «красный» либо восходить к тюркскому «алп» — «богатырь», «герой». Вторая часть — «мухан»: это искажённая в тюркской передаче форма арабского имени Мухаммад (Мухан, Мухаммед). Получается, имя Альмухан переводится либо как «красный Мухаммад», либо как «богатырь Мухаммад». В тюркской ономастике такие двусоставные имена с эпитетом перед именем пророка не редкость: они подчёркивали либо уважение, либо внешнюю примету человека.

Географически фамилия тянет к казахской среде. У казахов имя Альмухан встречается, и фамилия Альмуханов (женская — Альмуханова) фиксируется в Казахстане, особенно в южных и западных регионах. У татар и башкир тоже есть параллельные формы, но чаще с другим суффиксом: например, Альмухаметов, а Альмуханов у них редкость. Поэтому, если ищете корни, стоит в первую очередь смотреть в сторону казахских родословных.

Женская форма на -а — это стандартное русское склонение. В казахском языке фамилия звучала бы как Альмуханова или Альмуханқызы (дочь Альмухана), но при записи в советских документах закрепился именно русский патронимический суффикс. Сословно носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или кочевников-скотоводов: дворянских родов с такой фамилией в дореволюционной России не зафиксировано. Сама фамилия не древняя — она сложилась в XIX — начале XX века, когда у тюркских народов начали массово закрепляться фамилии по отцу.