Фамилия Альмужнин — редкая, и её корень уходит в тюркские языки, скорее всего, в татарский или башкирский. В основе лежит слово «альмужна» или близкое к нему «алмыш», что в переводе означает «взятый», «приобретённый» или «полученный». Однако в контексте прозвищного имени это могло иметь переносный смысл: «приёмыш», «подкидыш» или «ребёнок, взятый на воспитание». Такие имена в прошлом давали детям, которых усыновляли или брали в семью со стороны, чтобы защитить их от «дурного глаза» или болезней — считалось, что подменное имя обманет злые силы.

Суффикс «-ин» в окончании фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — «Альмужнин», то есть «сын или потомок Альмужны». Это типичная русская патронимическая модель, которая наложилась на тюркскую основу после крещения или ассимиляции носителей фамилии в русскоязычной среде. В Поволжье и Приуралье, где веками жили татары, башкиры и русские, такие гибридные фамилии — обычное дело.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная, но заслуживающая упоминания: фамилия могла возникнуть от искажённого арабского «аль-мужнин» — «грешник» или «виновный». Но в тюркской среде, откуда, скорее всего, пошёл род, арабизмы чаще встречаются в религиозных именах, а не в бытовых прозвищах. К тому же форма с суффиксом «-ин» лучше стыкуется с тюркским личным именем, чем с арабским прилагательным.

Географически фамилия сегодня встречается в основном на Урале и в Западной Сибири, особенно в Челябинской, Оренбургской областях и в Башкортостане. Это подтверждает её связь с тюркскими народами региона. Носители фамилии могли быть крестьянами или мещанами — фамилия не дворянская, не книжная, а бытовая, из народной среды.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Альмухаметов, Альмушев) показывает, что основа «аль-» здесь не арабский артикль, а часть тюркского корня, что окончательно склоняет чашу весов в пользу версии о прозвище «взятый». Таким образом, предок первого Альмужнина, по всей видимости, был приёмным сыном в своей семье, и это обстоятельство закрепилось в родовом имени.