Фамилия Алонкина — женская форма, образованная по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Алонкина, то есть жена, дочь или вдова Алонкина. Эта модель типична для центральных и северных областей России, где -ин закрепился как основной патронимический суффикс. Однако в случае с Алонкиной интереснее не суффикс, а основа — Алонка.

Алонка — это уменьшительная форма от канонического имени Аполлон. В народной среде XIX века полное имя звучало слишком книжно, поэтому его активно сокращали: Аполлон → Алоня → Алонка. В крестьянском быту такие варианты (Алонка, Афоня, Ванька) приживались легко. Менее вероятно, но не исключено, что Алонка могло быть прозвищем от диалектного слова «алон» — так в некоторых говорах называли ленивого или медлительного человека. Эта версия слабее из-за отсутствия широкой фиксации, но полностью отбрасывать её не стоит: народная этимология иногда переплетается с реальной.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду однокоренных: Аполлонов, Аполлонский, Алонов. Но Алонкин выделяется суффиксом -к-, который придаёт уменьшительно-ласкательный оттенок и указывает на бытовое, внутрисемейное происхождение. Так могли звать ребёнка или младшего члена семьи, а потом прозвище закрепилось за всем родом. Это типично для фамилий, возникших не из официального имени, а из домашнего обращения.

Географически фамилия Алонкин (и её женская форма) встречается редко и сосредоточена в Поволжье и на Урале. В метрических книгах XIX века носители фиксируются в Вятской и Пермской губерниях — регионах, куда активно переселялись крестьяне из центральной России. Это указывает на простонародное, скорее крестьянское, происхождение: фамилии на -ин у крестьян закрепились позже, чем у дворян, в основном после отмены крепостного права в 1861 году.

Для генеалогического поиска редкость фамилии — плюс: каждый документ с упоминанием Алонкиных почти наверняка о родственниках. Носительница фамилии может считать, что её предки — выходцы из крестьянской среды северо-востока России, а основой фамилии послужило народное сокращение от имени Аполлон.