Фамилия Алонкина — женская форма фамилии Алонкин. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Алонкина, то есть жена, дочь или вдова Алонкина. Такая модель типична для центральных и северных областей России, где -ин закрепился как основной патронимический суффикс.

Основа фамилии — имя или прозвище Алонка. Это уменьшительная форма от канонического имени Аполлон, которое в народной среде часто сокращали: Аполлон → Алоня → Алонка. В крестьянской среде XIX века такие сокращения были обычны: полное имя звучало слишком книжно, а бытовые варианты вроде Алонка, Афоня, Ванька приживались легко. Менее вероятно, но не исключено, что Алонка могло быть прозвищем от диалектного слова «алон» — так в некоторых говорах называли ленивого или медлительного человека, хотя эта версия слабее из-за отсутствия широкой фиксации.

Географически фамилия Алонкин (и её женская форма) встречается редко и сосредоточена в основном в Поволжье и на Урале. В метрических книгах XIX века носители фамилии фиксируются в Вятской и Пермской губерниях — регионах, куда активно переселялись крестьяне из центральной России. Это указывает на простонародное, скорее крестьянское, происхождение: фамилии на -ин у крестьян закрепились позже, чем у дворян, в основном после отмены крепостного права в 1861 году.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду однокоренных: Аполлонов, Аполлонский, Алонов. Но Алонкин отличается суффиксом -к-, который придаёт уменьшительно-ласкательный оттенок и указывает на то, что прозвище или имя дали человеку в быту, в семье. Такой суффикс типичен для фамилий, возникших из внутрисемейных имён: Алонка — так могли звать ребёнка или младшего члена семьи, а потом прозвище закрепилось за всем родом.

Таким образом, носительница фамилии Алонкина может считать, что её предки — выходцы из крестьянской среды северо-востока России, а основой фамилии послужило народное сокращение от имени Аполлон. Фамилия редкая, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска: каждый документ с упоминанием Алонкиных — почти наверняка о родственниках.