Фамилия Алонкин — нечастая и неочевидная. На первый взгляд в ней слышится что-то испанское или итальянское, но на деле это стопроцентно русская фамилия, образованная по стандартной модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Алонкин — значит «сын Алонки» или «человек из семьи Алонки». Вопрос упирается в то, что такое «Алонка».

Самая вероятная версия: Алонка — это разговорная или уменьшительная форма одного из крестильных имён. В русских говорах имя Александр легко превращалось в Алекса́нка, а затем в Алонку — за счёт выпадения согласных и редукции гласных. Подобные перестройки встречаются повсеместно: из Евдоким получался Докима, из Пантелеймон — Паня. Если это так, то Алонкин означает «потомок Александра», и фамилия стоит в одном ряду с Сашиным, Шуриным и Санкиным.

Есть и более редкая, но тоже возможная версия: основа «алон» могла быть прозвищем. В диалектах русского севера и Сибири «ало́нить» означало «кричать, шуметь, галдеть». Человека с громким голосом или беспокойным нравом могли прозвать Алоня, а его детей — Алонкиными. Прямых словарных подтверждений этому слову в академических источниках нет, но корень «ал-» (от «алый» или звукоподражания) в северных говорах встречается в разных значениях.

Географически фамилия тяготеет к центральным областям России. Встречается она негусто, но стабильно фиксируется в переписях XIX века в Тверской, Смоленской и Московской губерниях. Аристократического происхождения у неё нет: Алонкины — почти всегда крестьяне или мещане, получившие фамилию по имени или прозвищу родоначальника.

В написании фамилии нет вариативности: только Алонкин, без двойных согласных и буквы «г» на конце. Если когда-то и существовал вариант Алонькин (с мягким знаком), он не закрепился. Сегодня фамилия остаётся редкой, но узнаваемой именно своей необычной для русского уха звуковой формой.