Фамилия Алсакова — женская форма мужской фамилии Алсаков. Её основа, скорее всего, тюркская, что типично для фамилий, распространённых у татар, башкир и других народов Поволжья и Урала. Корень «алса» или «алсы» мог быть личным именем или прозвищем. В татарском языке есть слово «алса» (низкий, невысокий), которое могло характеризовать рост человека. Другая версия связывает основу с диалектным «алсы» — так в некоторых говорах называли пегого коня или вообще животное с белыми пятнами. В этом случае прозвище мог получить человек со светлыми волосами или веснушками.

Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: Алсаков — сын Алсака. Модель образования типична для русских фамилий, но сама основа не славянская. Это говорит о том, что предки носителей фамилии жили в зоне активных русско-тюркских контактов. Фамилия редкая, не встречается в списках столбового дворянства. Её носители, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, либо служилыми людьми из татар.

Интересная деталь: фамилия Алсакова не имеет варианта с суффиксом «-ин», хотя основа заканчивается на «а». Это подтверждает, что «Алсак» воспринималось именно как полное мужское имя (наподобие Ивана), а не как прозвище на «-а» (вроде Молчана), от которого пошли бы Алсакины. Географически фамилия тяготеет к южному Уралу и Башкортостану.