Фамилия Алсаев построена по самой ходовой русской модели: к основе добавили суффикс -ев, отвечающий на вопрос «чей?». Суффикс закрепился за основой, оканчивающейся на мягкий согласный или шипящий — в данном случае на -й. Но как только добираешься до самой основы — Алсай — начинаются вопросы, и ответы на них ведут в степи.

Скорее всего, Алсаев — это обрусевшая тюркская или кавказская фамилия. В её основе лежит имя или прозвище Алсай. У тюркских народов (татар, башкир, казахов) имя Алсай могло быть составным: «ал» (алый, красный, а также «возьми») и «сай» (ручей, овраг, или часть имени «Саит»). Есть и другой вариант: в некоторых тюркских диалектах «алса» — пестрая, пёстрой масти лошадь. Тогда прозвище Алсай мог получить коннозаводчик, коневод, или человек с рябой, пёстрой внешностью.

Не стоит сбрасывать со счетов и калмыцкое происхождение. В калмыцкой ономастике встречается имя Алса, которое могло лечь в основу фамилии. При переходе в русскую среду к основе Алса- закономерно прирос суффикс -ев, давший форму Алсаев. Географически фамилия действительно чаще встречается в регионах с тюркским и калмыцким населением: в Астраханской области, Калмыкии, в Башкортостане, а также на Северном Кавказе.

Редкий для русских фамилий элемент «Ал-» в начале сразу выдаёт нерусское происхождение основы. При этом фамилия давно и прочно обрусела: носители Алсаевы могут и не помнить о своих степных предках, живших несколько веков назад. Сословно это, вероятнее всего, были крестьяне или казаки — фамилия не звучит как дворянская или купеческая, а её распространение в южных, степных областях указывает на вольное или служилое население окраин.