Фамилия Аляконов — редкий случай, где прозрачная на первый взгляд основа обманчива. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель («чей?» — сын Алякона), а вот с корнем «Алякон» начинаются сложности. В современном русском языке такого слова нет, искать его нужно в диалектах или заимствованиях.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским именем Алякон (Али-хан). В татарском, башкирском и казахском языках «Али» — возвышенный, а «хан» — правитель. При переходе в русскую среду имя могло потерять конечный согласный и обрасти славянским суффиксом. Если это так, предок носителя фамилии был человеком знатного происхождения или просто носил имя, подчеркивающее властность. В пользу этой версии говорит и география: фамилия Аляконов встречается в Поволжье и на Урале, где исторически сильны тюркские влияния.

Менее убедительная, но возможная гипотеза — от прозвища Алякон, образованного от глагола «алякать» (говорить невнятно, картавить) с помощью редкого суффикса -он. В таком случае прозвище дали человеку с особенностью речи. Однако слово «алякать» фиксируется в основном в южных говорах, а фамилия тяготеет к востоку, что делает тюркскую версию предпочтительнее.

Словообразовательная модель необычна: основа не на -а или -о, а на твердый согласный (-н), что для русских фамилий от тюркских имен типично (сравните Айдаров, Булатов). Суффикс -ов здесь выполняет чисто грамматическую роль — превращает личное имя в родовое обозначение. Социальный статус первых носителей мог быть разным: от служилых татар, перешедших на русскую службу, до крестьян, получивших фамилию по деду. Без конкретных архивных записей по конкретной ветви точнее сказать нельзя.

В написании фамилии стоит обратить внимание на букву «ё»: в некоторых вариантах она может заменяться на «е» (Аляконев), но это искажает произношение. Правильное ударение — на второй слог: Аля́конов.