Фамилия Амалеева — женская форма, мужской вариант — Амалеев. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому прозвищу или имени. Самый вероятный источник — слово «амал» в значении «деяние», «работа», «поступок», которое в некоторых тюркских языках (например, в татарском, башкирском, казахском) также могло означать «хитрость», «уловка» или «должность, чин». В таком случае прозвище Амалей давали человеку деятельному, изворотливому или занимающему некий пост.

Суффикс -еев указывает на русскую модель образования от тюркской основы. Фамилии на -еев (а не на -ов) типичны для тех случаев, когда исходное слово оканчивалось на мягкий согласный или на -й. Здесь мы видим основу «Амалей», где финальное -й перешло в -еев (сравните: Андрей — Андреев, Алексей — Алексеев). Таким образом, Амалеев буквально означает «сын Амалея».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с арабским именем Амаль (надежда, чаяние), которое через тюркское посредничество могло получить огласовку «Амалей». Однако в этом случае мы бы чаще ожидали форму Амальев или Амалевич, а не Амалеев.

Географически фамилия встречается в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Самарской областях. Это подтверждает её вероятное происхождение в среде татар или башкир, которые после присоединения этих земель к России получали фамилии по русской модели. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания служилых татар и ясачных крестьян с подобными именованиями, но конкретных исторических личностей с фамилией Амалеев, которые бы вошли в общероссийские энциклопедии, не зафиксировано.

В написании фамилии стоит обратить внимание на двойное «а» в корне: Амалеева, а не Амолеева или Амалева. Это ещё один аргумент в пользу тюркской основы, где долгота или ударение на первом слоге — норма.