Фамилия Аманбакиев — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение напрямую связано с тюркскими языками. В основе лежит составное имя или прозвище, собранное из двух корней, каждый из которых самодостаточен. Первая часть, «аман», восходит к арабскому слову, заимствованному через тюркское посредничество, и означает «безопасность», «благополучие», «здоровье» (ср. казахское «аман» — целый, невредимый). Вторая часть, «бак», скорее всего, не имя, а глагольная основа: от тюркского «бак-» — «смотреть», «глядеть», «присматривать». В казахском и башкирском языках «багу» означает «ухаживать» или «содержать». Соединяясь, корни дают значение «смотрящий за благополучием» или «хранитель спокойствия».

Фамилия образована по русской патронимической модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или на -ий. Исходное имя-прозвище звучало как Аманбак, Аманбаки или Аманбек. Суффикс -и, характерный для тюркских имён (сравните с именами Куанышбай — Куанышбаки, или просторечными формами типа Бакы), здесь, скорее всего, выпал при русификации, оставив основу на твёрдый согласный. Встречающийся в документах вариант Аманбакиев — это уже попытка восстановить исходное звучание через русское окончание. Интересно, что в данном случае мы видим не типичную для тюркских фамилий модель на -ов (от основ на твёрдый согласный), а именно -ев, что указывает на мягкий или йотированный исходный звук. Это дополнительно подтверждает, что первоначальная форма имени оканчивалась на -и или -ек, которые при адаптации к русской грамматике дали основу, требующую суффикса -ев.

Географически фамилия привязана к регионам с компактным проживанием татар, башкир и казахов: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается она и среди казахских родов, но в русской записи. В среде казанских татар имя Аманбак (или Аманбаки) могло быть дано мальчику как пожелание, чтобы он рос под присмотром и в безопасности. В башкирских говорах возможна иная огласовка: Аманбаҡ, где «баҡ» — «взгляд» или «счастье» (в переносном смысле). С точки зрения социального статуса, носители этой фамилии в XIX — начале XX века относились к крестьянам и мещанам. Среди дворянства фамилия не зафиксирована. Примечательно, что фамилия не получила широкого распространения, что говорит о её локальном, возможно, родовом происхождении от одного предка. В отличие от массовых фамилий на -ов, она сохранила редкую основу, которая не перешла в разряд нарицательных прозвищ.