Фамилия Амганов — редкий случай, где географическая привязка почти наверняка перевешивает все другие версии. Основа фамилии — топоним Амга, и носители этой фамилии, скорее всего, ведут род из мест, где протекает река с таким названием. Река Амга — крупный приток Алдана в Якутии, и именно якутское происхождение фамилии выглядит наиболее убедительным.

Модель образования здесь проста: к названию реки или местности Амга добавили русский патронимический суффикс -ов. В XIX — начале XX века это была стандартная практика при оформлении фамилий для нерусского населения Российской империи. Таким образом, Амганов — это «с Амги», «амгинский». Суффикс -ов однозначно указывает на русскую модель, применённую к иноязычной основе, и именно якутский след даёт самую цельную картину: предки носителя фамилии жили на реке Амга, и фамилия закрепилась за ними в эпоху массового учёта населения.

Если копнуть глубже, то якутское слово «амга» означает «излучина реки» или «место, где река делает крутой поворот». Такое прозвище могли дать человеку, жившему на крутом изгибе реки, или же оно закрепилось за целым родом (в якутской традиции — «ага-ууса»), который обосновался в амгинских землях. Позже, при переходе к фамилиям, это родовое имя и оформилось как Амганов.

Менее вероятна версия, отрывающая фамилию от тюркского корня «ам»/«амга» — в некоторых тюркских языках это слово могло означать «целитель», «знахарь» или относиться к родовому знаку (тамге). Однако в этом случае ожидалась бы форма Амгаев или Амгин, а не Амганов. Слабость этой гипотезы в том, что она не объясняет суффикса -ов, который здесь работает как типичный русский маркер «принадлежности к местности».

Встречается фамилия преимущественно в Якутии и среди выходцев оттуда. В других регионах России она единична, что только подтверждает её локальный характер. По сути, Амганов — это фамилия-указатель, которая без лишних слов сообщает: предки этого человека жили на реке Амга, и их родовое имя закрепилось в официальных документах через стандартную русскую модель.