Фамилия Амикишиева — редкий пример того, как восточное имя обрастает русским суффиксом, превращаясь в патроним. Её основа — Амикиш, скорее всего, не самостоятельное имя, а диалектная ласкательная форма от арабского Аминулла («верный Аллаху»), которое распространено у мусульманских народов. В устной речи имя могло пройти цепочку сокращений: Аминулла → Амикулла → Амикиш. Суффикс -иш в тюркских языках часто придаёт имени уменьшительный или ласкательный оттенок, так что «Амикиш» — это примерно «маленький Аминулла» или «Аминулла-сынок». К этой основе добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев (после мягкого согласного) и окончание -а для женского варианта. Мужская форма — Амикишиев. Модель образования стандартна для русификации нерусских имён в XIX — начале XX века: фамилию закрепляли за крестьянами или мещанами при переписях, поэтому предки носителей, скорее всего, не относились к дворянству или духовенству.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским или кавказским влиянием: Дагестан, Азербайджан, Татарстан, а также южные области России. Спорных версий происхождения немного. Иногда основу пытаются связать с арабским «амир» (князь, повелитель), но это менее правдоподобно: суффикс -иш плохо сочетается с «амиром», а имя Аминулла встречается гораздо чаще и логичнее ложится в цепочку изменений. Искать славянские корни тоже бессмысленно — фамилия явно пришлая, и её уникальность именно в этом сплаве восточного имени и русского суффикса.