Фамилия Амилаханова — женская форма мужской фамилии Амилаханов. Её основа — сложносоставное имя Амилахан, которое почти наверняка восходит к тюркским корням. Разбираем слово: первая часть «амил» (или «амиль») в тюркских языках может означать «правитель», «наместник», «чиновник» (от арабского ‘āmil — «делающий», «управляющий»). Вторая часть — «хан», титул верховного правителя в тюркских и монгольских государствах. Таким образом, имя Амилахан можно перевести как «хан-правитель» или «наместник хана». Это типичное для тюркской ономастики составное имя, где оба компонента подчёркивают власть и статус.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов/-ова: к основе Амилахан добавили суффикс принадлежности, и получилось «сын Амилахана» — Амилаханов. Такая модель массово закрепилась у народов Кавказа, Поволжья и Средней Азии после вхождения их территорий в состав Российской империи, когда местные имена и прозвища адаптировали под русскую паспортную систему. Географически фамилия чаще всего встречается в Дагестане, Чечне и среди тюркоязычных народов Северного Кавказа, где имена с компонентом «хан» были распространены.

С точки зрения словообразования, фамилия интересна тем, что в ней сохранилась нередуцированная форма с «амил», а не с более привычным «амир» (князь, полководец). Встречаются однокоренные варианты: Амилов, Амилаев, Аминов, но Амилаханов стоит особняком — двойной титул в основе указывает на то, что предок, вероятно, был не рядовым человеком, а носителем административной или военной должности. Впрочем, со временем фамилия закрепилась и за потомками людей, не имевших прямого отношения к власти: имя могло стать наследственным прозвищем, а затем и фамилией целого рода.