Фамилия Анатолити — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение стоит искать не в славянских корнях, а в греко-византийской традиции. В основе фамилии лежит греческое мужское имя Анатолий (Ανατόλιος), которое означает «восточный» или «восходящий» — от слова «анатоле» (ἀνατολή), то есть «восход солнца». Однако ключевая особенность — суффикс -ити, который нехарактерен для русских фамилий, образованных от крестильных имён (обычно это -ов, -ев, -ин). Такое окончание типично для греческих фамилий, где -ити (-ίδης) указывает на принадлежность к роду («сын такого-то»). Таким образом, Анатолити — это не русифицированная, а транслитерированная форма греческой фамилии, которую мог принять выходец из греческой диаспоры, священник или семинарист при поступлении в духовное училище.

В Российской империи фамилии с греческим суффиксом -ити встречались в среде духовенства, особенно в южных епархиях и в среде понтийских греков, переселившихся из Малой Азии. Семинаристам нередко давали фамилии по имени святого или по греческому корню, и Анатолити могла быть искусственно создана в духовной академии как «учёная» фамилия, подчёркивающая связь с восточным христианством. Менее вероятная, но возможная версия — что это отчество от греческого прозвища «Анатолитис» (житель восточных областей Византии), которое закрепилось за родом.

Географически фамилия крайне редка. Основные следы ведут в регионы с греческим присутствием: Приазовье, Крым, Одесскую губернию, а также в среду потомков греческих купцов и моряков. В современной России Анатолити почти не встречается, чаще попадается в Греции и на Кипре в форме Анатолитис. Носители фамилии в России, скорее всего, потомки греческих переселенцев или лиц, получивших фамилию в духовных училищах в XIX веке.

Словообразовательная модель проста: греческое имя Анатолий + патронимический суффикс -ити (как в фамилиях Павлиди, Христофоров). В отличие от русских фамилий на -ов, где основа указывает на отца, здесь суффикс указывает на прямую родственную связь: «Анатолити» — буквально «сын Анатолия». Ударение, судя по греческому произношению, падает на последний слог: Анатолити́.