Фамилия Анегина — явление в русском ономастиконе редкое и неочевидное. На первый взгляд она напоминает отчество от женского имени Анегина, но такого имени в православных святцах нет, и в дореволюционной России оно не фиксировалось. Скорее всего, перед нами нестандартная форма притяжательного прилагательного с суффиксом -ин, образованная от прозвища или, что вероятнее, от искажённого имени.

Ключ к разгадке — в звуковом сходстве с греческим именем Ангина (Ανγίνα), которое встречается в южнославянской и греческой традиции. В русской среде это имя могли переосмыслить и записать на слух как «Анегина», особенно в регионах, где «г» произносили фрикативно (как в украинском или южнорусских говорах). Тогда фамилия Анегина — это матроним, то есть фамилия по матери: «чья? — Анегина», то есть дочь или вдова женщины по имени Анегина. Такие фамилии были редки, но встречались, если мать рано овдовела или была главой семьи.

Есть и другая, более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Анега, которое, в свою очередь, связано с диалектным словом «анёга» — так в некоторых говорах называли ленивого, неповоротливого человека (от «нянькаться», «анежиться»). В этом случае Анегина — «дочь или жена Анеги», то есть человека с таким прозвищем. Эта гипотеза проще и не требует привлечения редких имён, но менее изящна с точки зрения словообразования: суффикс -ин обычно крепится к основе на -а, а не на -ега.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: единичные записи Анегиных встречаются в псковских и новгородских метрических книгах XIX века. Там же фиксируется и вариант Анёгин — с ударением на «ё», что указывает на местное произношение. В любом случае, Анегина — фамилия штучная, не массовая, и её носители, скорее всего, происходят из одной небольшой локальной группы, где имя или прозвище закрепилось в документах случайно, но надолго.