Фамилия Анегдин — довольно редкая. Её основа — имя Анегда, которое, в свою очередь, восходит к греческому имени Анект. В переводе с греческого это слово означает «сносный, терпимый». В православных святцах известны два покровителя с таким именем: мученик Анект, которого поминают 23 марта, и мученик Анект Кесарийский, чей день памяти приходится на 10 июля.

Фамилия образована по простой и распространённой модели: к основе Анегд- добавлен типичный русский суффикс принадлежности -ин. Такая модель указывает на то, что родоначальника фамилии звали Анегда (в быту, вероятно, уменьшительная или обиходная форма от канонического Анект). Суффикс -ин в русских фамилиях обычно означает «чей?» — то есть «сын Анегды» или «потомок Анегды».

Интересная деталь: написание фамилии через «г» (Анегдин) вместо более ожидаемого «к» (Анекдин) — не ошибка, а характерная черта живого произношения. В русском языке звонкий согласный перед звонким часто уподобляется: корень «Анект» в сочетании с суффиксом -ин дал бы на слух «Анегдин». Так написание закрепило реальное звучание, а не книжную норму. Это отличает фамилию от однокоренных, если бы они существовали — например, гипотетической Анектов, где сохранилась бы буква «к».

Сословной принадлежности по фамилии определить нельзя: модель на -ин встречается и у крестьян, и у мещан, и у духовенства. География бытования фамилии, скорее всего, связана с центральными и северными губерниями России, где были распространены такие формы имён. В официальных документах фамилия могла фиксироваться с разным ударением — на первом или последнем слоге, но в современном употреблении чаще слышится ударение на последний слог: Анегди́н.