Фамилия Анегдин — редкий пример, где греческое календарное имя превратилось в русскую фамилию через неочевидную цепочку преобразований. В основе лежит имя Анект (греч. ανεκτος — «сносный, терпимый»). В православных святцах почитают двух святых с таким именем: мученика Анекта, память 23 марта, и мученика Анекта Кесарийского (10 июля). В русской бытовой традиции полное церковное имя Анект сократили до формы Анегда — так появилось прозвище или обиходное имя, от которого и пошла фамилия.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Анегдин буквально значит «сын Анегды» или «человек из рода Анегды». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имен и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Интересно, что фамилия сохранила исходное греческое звучание корня, не переделав его в более привычное «Анектов» или «Анектин» — это говорит о том, что имя Анегда бытовало в устной речи как самостоятельное, а не как книжная форма.

Фамилия Анегдины встречается крайне редко, что характерно для фамилий, образованных от малораспространенных крестильных имен. Носители фамилии, вероятно, происходят из духовного сословия или из старообрядческой среды, где календарные имена сохранялись в архаичных формах дольше, чем в крестьянском быту. Однако окончательно утверждать это можно только после анализа конкретных генеалогических записей — метрических книг или ревизских сказок той местности, где фамилия зафиксирована впервые.

В современном русском языке фамилия звучит необычно, что нередко вызывает вопросы о её происхождении. Между тем перед нами типичный памятник славянской ономастики, где греческое имя прошло путь от святцев до фамильного прозвания через живую народную речь.