Фамилия Анегдин — редкий пример, когда за основу взято имя, а не прозвище или профессия. Она образована от имени Анегда, которое в свою очередь является сокращённой, производной формой от полного календарного имени Анект. Само имя Анект пришло из греческого языка и переводится как «сносный, терпимый» — значение, которое в древности давали ребёнку, возможно, желая ему лёгкого, покладистого характера.

В православных святцах известно два покровителя этого имени: мученик Анект, которого поминают 23 марта, и мученик Анект Кесарийский с днём памяти 10 июля. В народной среде полное церковное имя Анект часто сокращали до Анегды (по аналогии с другими именами, где «кт» переходило в более привычное для русского уха «гд»). Именно от этой обиходной формы и пошла фамилия.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Анегды). Так что фамилию Анегдин следует понимать как «потомок Анегды». Поскольку имя Анект — редкое, а его производная форма Анегда и вовсе встречалась нечасто, фамилия осталась штучной, не получив широкого географического распространения. Встретить её можно скорее в центральных и северных областях России, где старые крестильные имена дольше сохранялись в быту.