Фамилия Анепир — редкий случай, когда написание почти совпадает с произношением, но корень остаётся загадочным. В русской ономастике она не встречается в массовых списках, и её структура выбивается из привычных моделей на -ов/-ев, -ин или -ский. Скорее всего, фамилию образовали от прозвища или имени, пришедшего из другого языка, либо она возникла в результате поздней паспортной записи, когда фамилию записывали на слух.

Первое, что бросается в глаза, — редкий суффикс -ир. В русских фамилиях он встречается в заимствованиях: например, в немецких фамилиях вроде Шнейдер или Фишер, а также в искусственно созданных дворянских фамилиях XVIII–XIX веков. Однако Анепир не похожа на немецкую по звучанию. Возможно, основа «Анеп-» восходит к греческому или древнееврейскому имени, которое через церковные книги или семинарскую традицию попало в русскую среду. Например, имя Анипир (или Анипир) — редкая форма от Анисим или Ануфрий, где «-пир» могло возникнуть из-за искажения при переписи.

Другая версия — прозвище человека, связанное с профессией или местностью. «Анепир» могло быть переосмыслением французского «anépire» (нечто незрелое, несовершенное) или диалектного «анепыр» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, медлительного человека. Но эти гипотезы слабые: ни в одном серьёзном словаре русских говоров такого слова нет, а французское влияние на крестьянские прозвища маловероятно.

Самое правдоподобное объяснение — искусственное происхождение из духовных училищ и семинарий. Там нередко переделывали фамилии учеников на греческий или латинский лад, чтобы они звучали благозвучнее. Исходное русское прозвище или имя (например, Анисим или Епифан) могли «латинизировать», добавив окончание -ир, и получилось Анепир. Такие фамилии обычно оставались редкими, так как их носители были немногочисленны. Географически Анепир чаще всего встречается в центральных и северо-западных регионах России, что подтверждает её возможную связь с духовным сословием. Прямых известных носителей в истории нет, но для тех, кто хочет понять, откуда пошёл их род, это не делает фамилию менее ценной.