Фамилия Аникушкина — женская форма, а её мужской вариант Аникушкин — это классическая русская фамилия, образованная по модели «чей?» с помощью суффикса -ин. В основе лежит имя Аникушка — уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Иоанникий. В народной речи это имя претерпело сильное сокращение: от полного Иоанникий осталась лишь вторая часть, которую переосмыслили и произносили как Аникей, Аника, а затем и Аникушка. Именно так, через цепочку бытовых упрощений, из длинного греческого имени (в переводе «побеждающий народ») получилась короткая и привычная фамилия.

Интересно, что в русском языке существует омонимичное имя Аника — оно тоже могло стать основой для фамилии, но его происхождение иное. Аника — это народная форма от имени Аникита (греч. «непобедимый»). Однако для фамилии Аникушкин более вероятна связь именно с Иоанникием: суффикс -ушк- типичен для ласкательных форм от полных имён (Иван — Иванушка, Иоанникий — Аникушка), тогда как от Аники форма была бы скорее Аничка или Аниша.

По сословной принадлежности носители фамилии Аникушкины в основном были крестьянами и мещанами. В дореволюционных переписях эта фамилия встречается в центральных губерниях России — особенно в Рязанской, Тамбовской и Пензенской областях, где имя Иоанникий было популярно среди простого народа. Значит, предки человека с такой фамилией с большой вероятностью жили в чернозёмной полосе и занимались земледелием.

Отдельно стоит сказать об ударении. В фамилии Аникушкин ударение падает на второй слог: АнИкушкин. Это отличает её от фамилии Анику́шин (с ударением на у), которая образована от другого варианта того же имени — Аникуша. Такая разница в суффиксах и ударении — типичная деталь русской ономастики, где одна и та же основа даёт несколько фамилий-близнецов.