Фамилия Аникушкин ведет начало от мужского крестильного имени Иоанникий, что в переводе с греческого означает «победа». К XVIII–XIX векам это имя сильно изменилось в русском быту, приспособившись к местному произношению и словообразованию. Полная форма Иоанникий превратилась в Аникей или Аникий, а в основе фамилии лежит ещё более короткая, домашняя форма — Аникушка. Так в народе называли сына, внука или просто человека по имени Аникей, отсюда и пошла фамилия с типичным русским суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей?» — Аникушкин.

Интересно, что суффикс -ушк- в этой фамилии — не просто уменьшительно-ласкательный, а характерный для северных и центральных говоров России. В южных регионах ту же основу чаще оформляли через -ов/-ев, поэтому параллельно существовали фамилии Аникушин, Аникушкин и даже Аникин. Сравните с однокоренными Аничкин, Анисимов — все они выросли из одного корня, но разошлись по разным моделям. Если искать фамилию в старых документах, можно встретить варианты с одной «н» (Аникушкин) и двойной (Аннушкин), но это уже результат путаницы между именами Анна и Аникей. По сословной принадлежности Аникушкины могли быть крестьянами или мещанами — фамилия не дворянская, а скорее народная, что подтверждается её прозрачной «домашней» основой.