Фамилия Аникушина образована от мужского крестильного имени Иоанникий. В его основе лежит греческое слово «никэ» — «победа». В обиходе это длинное имя сокращали до простых и удобных форм, и одной из них стало Аникуша. Именно это уменьшительное имя и легло в основу фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Аникушина буквально значит «дочь (или жена) Аникуши». Такая модель типична для русских фамилий, которые закреплялись в крестьянской и рабочей среде — скорее всего, основатель рода был выходцем именно из этих слоёв. Со временем потомки человека по имени Аникуша получили фамилию Аникушины. Интересно, что у этой фамилии есть «двойник» — Аникин. Обе образованы от одного корня, но через разные уменьшительные формы: Аникуша и Аника. Если Аникин встречается чаще, то Аникушин — более редкий вариант, сохранивший старую народную огласовку имени.