Фамилия Аникушины — одна из тех, что хранит в себе древнее имя, прошедшее через народное переосмысление. Её основа — мужское крестильное имя Иоанникий. В переводе с греческого «никэ» означает «победа», так что в далёком прошлом предок носителя этой фамилии был назван в честь победы. Однако в быту длинное церковное имя Иоанникий звучало иначе: его сократили до более простого и привычного для русского уха Аникуша.

Именно эта народная, производная форма и легла в основу фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Аникушин, то есть сын или потомок Аникуши. Модель образования типична для русских фамилий, но сама основа встречается не так часто, как, скажем, Иванов или Петров, что делает Аникушиных заметными в ономастическом ряду.

Сложно сказать, в какой именно местности и в какое время фамилия закрепилась первой. Процесс становления фамилий на Руси был долгим и неравномерным: где-то крестьяне получили их только к концу XIX века, а где-то — на несколько столетий раньше. Ясно одно: имя Аникуша, а с ним и фамилия, бытовало в среде, где церковные каноны соседствовали с живой речью, перекраивавшей сложные имена на свой лад.

Интересно, что у фамилии есть и другие варианты написания, например, Аникошин или Аникушин. Разница в одной букве могла возникнуть из-за местных говоров: там, где «о» произносили отчётливо, могли писать Аникошин, а там, где оно редуцировалось, закрепилось написание через «у». В любом случае, перед нами не просто запись в метрической книге, а след живого языка и народной памяти.