Фамилия Аникин — один из примеров того, как за привычным окончанием скрывается неочевидная история. Она образована не напрямую от полного церковного имени, а от его обиходной, «домашней» формы — Аника. Эта краткая форма восходит сразу к двум греческим именам: Иоанникий (от «никэ» — победа) и Аникита (от «аникэтос» — непобедимый). По сути, имя Аника объединило два разных значения, но оба они связаны с идеей силы и победы.

Выбор народной, а не канонической формы имени для фамилии — характерная черта русской ономастики. В быту имя Аника было распространено шире, чем его полные варианты, поэтому и фамилия Аникин встречается чаще, чем, скажем, Иоанникиев или Аникитин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Аникин, то есть сын или потомок человека по имени Аника.

Однако в русском фольклоре имя Аника получило ироничную окраску. С ним связаны устойчивые выражения: «аника-воин» (задира, который хвастается, но терпит поражение) и «аника-смотрок» (недальновидный, близорукий человек). Это породило версию, что в некоторых случаях фамилия могла закрепиться не за потомком обладателя имени, а за человеком, получившим прозвище Аника за сходство с этим фольклорным персонажем. Такое переплетение имени и прозвища — не редкость: грань между ними в XV–XVII веках была размыта. Обе версии имеют право на существование, и без конкретных генеалогических записей определить, какая из них сработала в каждом отдельном роду Аникиных, невозможно.