Фамилия Аникушкины — один из примеров того, как церковное имя, пройдя через горнило народного произношения, превратилось в устойчивое родовое прозвание. Её основа — сокращённая форма имени Аникушка, которая, в свою очередь, восходит к крестильному имени Иоанникий. В переводе с греческого это имя означает «победа», но в быту оно сильно изменилось: к XVIII–XIX векам сложная форма Иоанникий адаптировалась в более привычное для русского уха Аникей (или Аникий). А уж от него образовалась ласкательная «домашняя» версия — Аникушка.

Модель образования фамилии проста и типична для восточнославянской ономастики: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Аникушкин — буквально «сын Аникушки» или «человек из рода Аникушки». Интересно, что в некоторых говорах фамилия могла закрепиться и в форме Аникушкиных — с окончанием -ых, характерным для северных и сибирских регионов, где так обозначали всю семью в целом. Встречаются и однокоренные варианты: Аникин, Аникеев, Аничкин — все они вышли из того же гнезда имён, но с разными уменьшительными суффиксами.

О точном месте и времени возникновения фамилии Аникушкины сейчас говорить сложно: процесс формирования фамилий был долгим и растянулся на несколько столетий. Ясно одно: предки современных носителей этой фамилии были людьми крещёными, и имя им давали по святцам. Никакого прозвищного или ремесленного следа в этой фамилии нет — она чисто «именная», что делает её надёжным маркером принадлежности к православной традиции.