Фамилия Аникушкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Аникушкин послужило церковное имя Иоанникий. Мужское крестильное имя Иоанникий в переводе с греческого на русский язык означает «победа». К XVIII-XIX векам христианские имена в значительной степени изменили свой облик, приспособившись к особенностям русского произношения, словоизменения и словообразования. Так, имя Иоанникий приняло форму Аникей (Аникий). В основе же фамилии лежит сокращенная форма этого имени – Аникушка. О точном месте и времени возникновения фамилии Аникушкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Аникушкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.