Фамилия Аннусов — редкая, но её происхождение прозрачно: в основе лежит не полное имя Анна, а его уменьшительно-ласкательная форма Аннус (или Аннуся), бытовавшая в народной среде. Такая модель типична для русских фамилий: от производной формы имени через притяжательный суффикс -ов (чей? — сын Аннуса) получали фамилию. Мужчина по прозвищу Аннус, скорее всего, был назван в честь матери или бабушки — в патриархальной России это случалось нечасто, но регулярно, особенно если женщина играла в семье ключевую роль или была уважаемой вдовой. Получается, что фамилия Аннусов — это память о женщине, чьё имя в уменьшительной форме закрепилось за целым родом.

Форма Аннус выделяется на фоне других производных от имени Анна (Аннушка, Анюта, Нюра, Нюся) своей редкостью и оттенком ласкового, почти детского обращения. Суффикс -ус нехарактерен для исконно славянских имён, он мог появиться под влиянием польского или украинского языка (сравните: Янус, Стасюсь) либо как шутливое «европеизированное» прозвище. Если фамилия встречается на западе России или в Беларуси, эта версия становится более весомой.

Вторая гипотеза, менее вероятная, отсылает к латинскому «annus» — «год». Теоретически прозвище Аннус мог получить человек, родившийся в какой-то важный год (например, високосный) или связанный с годовым циклом работ. Но это скорее искусственное построение: в документах XVI–XVII веков такая мотивация не зафиксирована, поэтому версия с именем Анна остаётся основной.

Фамилия Аннусов не имеет отношения к дворянским родам и не встречается в родословных книгах. Её носители — крестьяне или мещане, получившие фамилию при переписях XIX века. Встречается она точечно, без ярко выраженного «гнезда»: отдельные семьи есть в Центральной России, на Урале и в Сибири, куда фамилию могли занести переселенцы. Учитывая редкость основы, можно предположить, что фамилия могла возникнуть независимо в разных местах — в каждой такой семье прозвище Аннус давали по своей причине, но почти всегда в честь женщины по имени Анна.