Фамилия Анпинов не сразу раскрывает своё происхождение: привычное окончание -ов указывает на русскую патронимическую модель («сын такого-то»), но основа Анпин в святцах отсутствует. Разгадка лежит в народной переработке церковного имени Амфилохий (греч. «окруженный засадой»). Длинное и неудобное для повседневной речи имя крестьяне и духовенство сократили до краткой формы Анпил, а затем и Анпин. Это типичный процесс: как Иоанн превратился в Ивана, а Феофилакт — в Филата, так и Амфилохий дал форму Анпин. Суффикс -ов добавил значение принадлежности: Анпинов — потомок человека, которого в быту звали Анпин.

Документы фиксируют фамилию с XVII века, и география бытования сужает круг поисков: чаще всего Анпиновы встречались в северных и центральных губерниях — Вологодской, Вятской, Костромской. Именно там имя Амфилохий было особенно популярно среди крестьян и церковнослужителей. Встречается и вариант написания Онпинов — с «о» вместо «а», что прямо отражает акающее произношение северных говоров.

Фамилия стоит в ряду однокоренных: Анпилогов (от Анпилог — той же основы с другим суффиксальным оформлением) и Анфимов (от другой народной формы того же имени — Анфим). Все они — разные способы приспособить греческого Амфилохия к русскому языку. Социальный спектр предков Анпиновых широк: от крестьян до священников, поскольку имя часто давали в семьях причетников и дьячков.