Фамилия Анугинов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного набора суффиксов -ов/-ев, которые указывают на отчество от крестильного имени. Формант -ин в данном случае не обязательно означает «чей?» (например, «сын Ануги»). Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или искажённого имени через суффикс -ин, который в русской ономастике часто присоединялся к основам на -а, -я.

Основа «Анугин» почти наверняка восходит к личному имени Ануфрий (каноническая форма — Онуфрий). В русских говорах это имя давало множество просторечных вариантов: Ануха, Анушка, Ануфрий, а также Ануга. Фонетический переход «ф» в «г» (Ануфрий → Анугий) — явление нередкое для народной речи, особенно в северных и центральных губерниях, где звук «ф» воспринимался как книжный и заменялся на «хв» или «г». Таким образом, Анугин могло быть отчеством от прозвища Ануга, которое, в свою очередь, — усечённая форма от Ануфрий. Суффикс -ин добавили, чтобы указать на принадлежность: «Анугин сын» — сын Ануги.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с тюркским или монгольским корнем «ану» (в значении «волк» или «зверь»), который встречается в калмыцких и бурятских фамилиях. Однако фамилия Анугинов не характерна для тюркских народов — у них преобладают окончания -ов/-ев, а не -ин. К тому же в русских переписных книгах XVII–XVIII веков изредка фиксировались крестьяне с именем Ануга, что подтверждает первую версию.

Географически фамилия встречается точечно, преимущественно в Центральной России и Поволжье, где были сильны старообрядческие традиции, сохранявшие архаичные формы имён. Сословно носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей, так как дворянские роды с таким окончанием редки, а в документах Анугиновы не значатся в родословных книгах.

В итоге: Анугинов — это «сын Ануги», а Ануга — народная форма крестильного имени Онуфрий. Фамилия сохранила в себе живой звук говора, где книжное «ф» заменилось на простое «г», и сегодня она — редкий свидетель того, как в русской деревне перекраивали церковные имена на свой лад.