Фамилия Анускина — женская форма; мужской вариант, Анускин, образован по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Анускин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Ануска. Основа Ануск- неканоническая и редкая, поэтому её корни стоит искать не в крестильных именах, а в диалектной или прозвищной среде.

Самая вероятная версия — связь с диалектным словом «анус» или «анусок». В некоторых русских говорах, особенно северных и уральских, так называли утку-нырка, а в переносном смысле — человека с характерной походкой или повадкой, например того, кто ходит вразвалку, как утка. Прозвище Анусок или Ануска могло закрепиться за охотником, птицеловом или просто за деревенским жителем, которого за что-то так прозвали. Слово «анус» в этом значении не имеет отношения к латинскому медицинскому термину — это чисто народное звукоподражательное название птицы. Ономасиологи, изучающие русские прозвища, отмечают, что подобные «птичьи» фамилии часто возникали в среде охотников и крестьян, живших вблизи водоёмов.

Менее распространённая, но допустимая версия — происхождение от имени-оберега. В дохристианской и раннехристианской Руси родители могли назвать ребёнка Ануском, от междометия «ану», означающего понукание, или от слова «ануть» — крикнуть, позвать. Считалось, что неблагозвучное или странное имя не привлечёт внимание нечистой силы, и ребёнок вырастет здоровым. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия Анускин встречается в основном в центральных и северных областях России, где такие имена-прозвища были особенно распространены.

Географически фамилия не является массовой — она фиксируется в Вологодской, Костромской и Кировской областях, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает её диалектное происхождение: именно в этих краях слово «анус» в значении «утка» бытовало вплоть до XX века. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или ремесленной среды, без связи с дворянскими родами. В написании фамилии нет вариативности: Анускин/Анускина — единственная устоявшаяся форма. Сравнение с однокоренными фамилиями, такими как Анусов, Анусин, Анушкин, показывает, что все они образованы от разных производных одной диалектной основы, но Анускин — самая редкая и локально привязанная ветвь.