Фамилия Анускина — женская форма, а мужская, Анускин, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей?» — Анускин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Ануска. Сразу бросается в глаза, что основа — Ануск- — неканоническая и редкая, что заставляет искать её корни не в крестильных именах, а в диалектной или прозвищной среде.

Самая вероятная версия — связь с диалектным словом «анус» или «анусок», которое в некоторых русских говорах, особенно северных и уральских, означало утку-нырка, а также, в переносном смысле, человека с характерной походкой или повадкой — например, того, кто ходит вразвалку, как утка. Прозвище Анусок или Ануска могло закрепиться за охотником, птицеловом или просто за человеком, которого за что-то так прозвали в деревне. Слово «анус» в этом значении не связано с латинским медицинским термином — это чисто народное звукоподражательное название птицы.

Менее распространённая, но допустимая версия — от имени-оберега. В дохристианской и раннехристианской Руси родители могли назвать ребёнка Ануском (от «ану» — междометие, означающее понукание, или от слова «ануть» — крикнуть, позвать), чтобы отвести от него злых духов: считалось, что неблагозвучное или странное имя не привлечёт внимание нечистой силы. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия Анускин встречается в основном в центральных и северных областях России, где такие имена-прозвища были особенно распространены.

Географически фамилия Анускина не является массовой — она фиксируется в основном в Вологодской, Костромской и Кировской областях, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает её диалектное происхождение: именно в этих краях слово «анус» в значении «утка» бытовало вплоть до XX века. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или ремесленной среды, без связи с дворянскими родами.

В написании фамилии нет вариативности: Анускин/Анускина — единственная устоявшаяся форма. Сравнение с однокоренными фамилиями, такими как Анусов, Анусин, Анушкин, показывает, что все они образованы от разных производных одной и той же диалектной основы, но Анускин — самая редкая и локально привязанная ветвь.