Фамилия Анускин — редкий случай, когда суффикс сразу подсказывает разгадку, а основа прячется за народной переделкой. Модель на -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Анускин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Ануска. Суффикса -ск- в фамилии нет, поэтому она точно не от географического названия, а от личного имени или прозвища.

Самая прямая версия — Ануска как производная форма от крестильного имени Ануфрий (церковная форма — Онуфрий). В русской народной среде длинные имена постоянно усекали: Онуфрий превращался в Онушку, Анку, а затем и в Ануску. Предок носителя фамилии мог быть Ануфрием, которого в быту звали Ануской. Имя Онуфрий было особенно популярно в центральных областях России — в Рязанской, Тамбовской, Нижегородской губерниях, где и встречается заметная концентрация фамилии Анускин.

Менее вероятная версия — связь с диалектным словом «анус», которое в некоторых говорах означало «утка» (сравните с «анутка»). Тогда прозвище Ануска мог получить человек с утиной походкой или любитель разводить эту птицу. Однако ономастика чаще склоняется к антропонимическому, а не нарицательному происхождению, тем более что имя Ануфрий было широко распространено.

В отличие от фамилий на -ов (Ануфриев), вариант Анускин говорит о более тесной, бытовой форме общения: так могли назвать не по полному имени, а по домашнему, ласкательному прозвищу. По сословному составу носители фамилии в XIX веке — преимущественно крестьяне и мещане, то есть люди, в среде которых имена активно переделывались на свой лад.