Фамилия Аняйкин — один из тех случаев, когда за короткой и на первый взгляд необычной основой стоит вполне ясная история. Её ядро — имя Аняй, обиходная, «домашняя» форма канонического имени Ананий. У этого имени древнееврейские корни, а значение — «благодать Божия» или «милостивый». В русской традиции усекать полные имена было обычным делом: от Анания получали Аню, Аняя, Аняйку, а от этих форм уже образовывали фамилию с типичным суффиксом принадлежности -ин.

Суффикс -ин здесь не случаен: он присоединяется к основам, которые оканчиваются на гласный или мягкий согласный. Если бы фамилию образовали от полного имени Ананий, она звучала бы как Ананьев. Но народная форма Аняй дала более короткий и «домашний» вариант. Буквально Аняйкин — «сын Аняя» или «потомок Аняя».

Есть и другая версия, хотя она менее вероятна. В некоторых говорах «аняй» могло быть прозвищем от диалектного слова «аня» — няня, или от глагола «аняться» (нянчиться). Тогда прозвище мог получить человек, занятый воспитанием детей или отличавшийся чрезмерной заботливостью. Однако в ономастике основным и более обоснованным считается происхождение от имени Ананий.

Фамилия Аняйкин встречается нечасто — это говорит о её локальном происхождении. Географически она тяготеет к северным и центральным регионам России, где традиции использования уменьшительных имён были особенно сильны. Чаще всего Аняйкиных можно встретить в Вологодской, Кировской, Нижегородской областях, а также на Урале — туда фамилия попала с переселенцами.