Фамилия Апатонов — одна из тех, где внешняя простота обманчива. На первый взгляд она кажется прозрачной, но при детальном разборе открывается несколько разных путей происхождения, и ни один из них не является очевидным. Чтобы понять суть, нужно разобрать основу «Апатон», которая не встречается в современных русских именах или бытовых словах.

Самая вероятная версия — прозвищное происхождение от слова «апат» или «опат». В южнорусских и украинских говорах так называли нерасторопного, медлительного человека, «соню» или «тюфяка». Гласная «а» в начале вместо «о» — характерная черта акающих говоров, распространённых, например, в рязанских, калужских и орловских землях. Таким образом, Апатонов — это потомок человека, которого в деревне прозвали Апатоном за флегматичный нрав. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Апатонов сын».

Вторая, менее очевидная версия, связывает фамилию с греческим словом «апатия» (бесстрастие, равнодушие). В XVIII–XIX веках семинаристы нередко получали фамилии, образованные от отвлечённых понятий. Выпускник духовного училища мог получить фамилию Апатов или Апатонов как «философский» намёк на невозмутимость характера. Однако эта гипотеза слабее: для семинарских фамилий более типичны окончания на -ский (Апатский), а форма на -ов указывает скорее на бытовое прозвище, чем на книжное заимствование.

Наконец, нельзя исключать, что в основе лежит редкое дохристианское имя или прозвище Апат. В старых писцовых книгах встречаются единичные упоминания людей с таким именем, но массового распространения оно не имело. В таком случае фамилия Апатонов — прямой отчество от этого имени, без дополнительных смысловых наслоений.

По географии фамилия редкая и тяготеет к центральным и южным областям России. Встречается она гораздо реже, чем однокоренные Апатов или Опатов, что делает её особенно ценной для локальной генеалогии: носители, скорее всего, происходят из одного родового гнезда. Анализ по сути прост: если предок был медлительным, то фамилия — от прозвища. Если он учился в семинарии — от греческого термина. Первый вариант исторически правдоподобнее.