Фамилия Апелис настолько редкая, что в русских метрических книгах и переписных листах XVIII–XIX веков она почти не встречается. Её происхождение — не из крестьянского или купеческого быта, а из греческого, польского или еврейского ономастикона. Скорее всего, перед нами фамилия, принесённая в Россию переселенцами или иностранными специалистами, которых приглашали в империю в XVIII–XIX веках.

Самая прямая версия — от греческого имени Апеллис (Ἀπελλῆς). Так звали знаменитого древнегреческого живописца, придворного художника Александра Македонского. Имя это было популярно в среде греческих купцов и ремесленников, которые селились в Новороссии, Причерноморье и на юге Украины. Фамилия Апелис могла образоваться от этого имени без типичного русского суффикса (-ов, -ин) — как застывшая форма прямой номинации, что характерно для греческих и еврейских фамилий, попавших в русскую среду.

Вторая версия — польское или белорусское происхождение. В польском языке слово «apel» означает «призыв», «сбор», а «apelować» — «апеллировать». Фамилия Апелис могла быть прозвищем для человека, который любил спорить, подавать жалобы или часто обращаться к начальству. Однако такая гипотеза слабее: суффикс -ис не характерен для польской фамильной модели, чаще встречается -ич или -ский. Поэтому греческая версия правдоподобнее.

Третья возможность — еврейская фамилия, вариант от имени Апель или опечатка в написании (например, вместо Апельс или Апелес). У ашкеназских евреев фамилии на -ис иногда встречаются, но обычно они образованы от названий мест (как Бердис, Либертис) или библейских имён. Апелис в этом ряду стоит особняком.

Словообразовательно фамилия стоит без суффикса — это так называемая «чистая основа». В русской традиции такие фамилии редки и обычно указывают на позднее заимствование или на то, что носитель — выходец из среды, где фамилии не русифицировали. Если бы предок был крестьянином, фамилия звучала бы как Апелисов или Апелисин.

Географически фамилия встречается единично. В современных базах данных — считанные носители, в основном на юге России и в Москве. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано — ни дворян, ни купцов, ни деятелей культуры. Это говорит о том, что род, скорее всего, был немногочисленным и не оставил заметного следа в документах.

Таким образом, Апелис — фамилия-загадка. Самое вероятное объяснение: греческое происхождение, от имени знаменитого античного художника, занесённое в Россию греческими переселенцами или священнослужителями.